El algodón ( spp. L.) es una fuente principal de fibra natural y se proyecta que alcanzará 117 millones de pacas en todo el mundo para 2021/22. Una variedad de estreses bióticos y abióticos tiene impactos negativos considerables en el algodón. La disminución significativa de las aplicaciones de pesticidas químicos en el agroecosistema ha afectado en gran medida la biodiversidad y la dinámica de los insectos primarios y secundarios. Se tomaron diversas medidas de control en todo el mundo para aumentar los costos de producción. La temperatura, la sequía y la salinidad, así como los estreses bióticos como bacterias, virus, hongos, nematodos, insectos y ácaros, causan pérdidas sustanciales en los cultivos de algodón. Aquí, resumimos una serie de estreses bióticos y abióticos que afectan el cultivo de algodón Bt con estrategias de soluciones biotecnológicas presentes y futuras que incluyen una estrategia de refugio, piramidación de múltiples genes, la liberación de insectos estériles, mezcla de semillas, ARN de interferencia, CRISPR/Cas9, señalización biótica y el uso de bioagentes. La vigilancia de la resistencia de los insectos, el monitoreo del cumplimiento de los cultivadores y la implementación de acciones correctivas pueden llevar al uso sostenible del algodón en todo el mundo.