El carbón de maíz, causado por , amenaza significativamente la producción de maíz. Este estudio evaluó 199 líneas inbred de maíz en la etapa de plántula bajo condiciones de invernadero para la resistencia a , identificando 39 líneas altamente resistentes. Un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando el modelo mrMLM detectó 19 loci de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) significativos. Basado en una distancia de decaimiento de desequilibrio de ligamiento (LD) de 260 kb, se identificaron 226 genes candidatos. Utilizando los loci significativos chr1_244281660 y chr5_220156746, se desarrollaron con éxito dos marcadores de PCR específicos de alelos competitivos (KASP). Una técnica de hibridación de sondas oligonucleotídicas específicas de secuencia basada en PCR aplicada a las 199 líneas experimentales y 60 líneas de validación confirmó el polimorfismo para ambos marcadores, con eficiencias de selección del 48.12% y 43.33%, respectivamente. Los materiales probados se derivaron de líneas inbred fundamentales de origen nacional y extranjero. El análisis de 39 líneas altamente resistentes mostró que los alelos ventajosos que portan timina/citosina (T/C) predominaban en frecuencias del 94.87% y 53.84%, respectivamente. El genotipo TTCC confería alta resistencia, mientras que CCTT era altamente susceptible. La resistencia exhibió alta heredabilidad y una interacción significativa gen-por-entorno. Este trabajo descompone sistemáticamente la base genética de la resistencia al carbón común en el maíz, identifica alelos favorables y proporciona una nueva estrategia basada en marcadores KASP para desarrollar germoplasma resistente a enfermedades.