Desarrollo y caracterización a nivel genómico de 169 marcadores gSSR en la planta invasora L
Autores: Yin, Junshuang; Bai, Qingyao; Mao, Yiting; Min, Hui; Zhang, Chunsha; Sun, Yibo; Zhang, Xiaojia; Feng, Yulong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Especies de plantas
Amenaza invasiva
Rasgos genéticos
Marcadores SSR
Alelos
Diversidad genética
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 4
Citaciones: Sin citaciones
L. es una especie de planta nativa de América del Norte; sin embargo, se ha convertido en una grave amenaza invasora en el norte de China debido a su gran adaptabilidad ambiental en las regiones colonizadas. Por lo tanto, elucidar sus rasgos genéticos es crucial para entender su éxito adaptativo. Los repeticiones de secuencia simple (SSR) comprenden de 1 a 6 nucleótidos dentro de los genomas de las plantas, que están disponibles para evaluar el nivel de diversidad genética de las plantas. Sin embargo, el análisis exhaustivo de marcadores SSR de alta cobertura es limitado. Este estudio identificó 450,847 loci SSR en el genoma. El número de loci SSR disminuyó con el aumento de la longitud de SSR dentro del rango de 10-100 pb. Las repeticiones de dinucleótidos constituyeron la mayoría (49.81%), totalizando 221,154, siendo los motivos AT/TA los más frecuentes (66.62%). Desarrollamos 169 marcadores gSSR que cubren todos los cromosomas, con 5-15 marcadores por cromosoma. Además, el número de alelos diferentes (Na), el número de alelos efectivos (Ne), el índice de información de Shannon (I), la heterocigosidad observada (Ho), la heterocigosidad esperada (He) y el contenido de información de polimorfismo (PIC) variaron de 1.2 a 3.3, de 1.077 a 2.385, de 0.087 a 0.903, de 0 a 1, de 0.056 a 0.558, y de 0.161 a 0.853, respectivamente. Esto marca el primer desarrollo sistemático de marcadores SSR de alta cobertura en el género, lo que aumenta el número de marcadores SSR disponibles y revela la base molecular de la adaptación a la invasión.
Descripción
L. es una especie de planta nativa de América del Norte; sin embargo, se ha convertido en una grave amenaza invasora en el norte de China debido a su gran adaptabilidad ambiental en las regiones colonizadas. Por lo tanto, elucidar sus rasgos genéticos es crucial para entender su éxito adaptativo. Los repeticiones de secuencia simple (SSR) comprenden de 1 a 6 nucleótidos dentro de los genomas de las plantas, que están disponibles para evaluar el nivel de diversidad genética de las plantas. Sin embargo, el análisis exhaustivo de marcadores SSR de alta cobertura es limitado. Este estudio identificó 450,847 loci SSR en el genoma. El número de loci SSR disminuyó con el aumento de la longitud de SSR dentro del rango de 10-100 pb. Las repeticiones de dinucleótidos constituyeron la mayoría (49.81%), totalizando 221,154, siendo los motivos AT/TA los más frecuentes (66.62%). Desarrollamos 169 marcadores gSSR que cubren todos los cromosomas, con 5-15 marcadores por cromosoma. Además, el número de alelos diferentes (Na), el número de alelos efectivos (Ne), el índice de información de Shannon (I), la heterocigosidad observada (Ho), la heterocigosidad esperada (He) y el contenido de información de polimorfismo (PIC) variaron de 1.2 a 3.3, de 1.077 a 2.385, de 0.087 a 0.903, de 0 a 1, de 0.056 a 0.558, y de 0.161 a 0.853, respectivamente. Esto marca el primer desarrollo sistemático de marcadores SSR de alta cobertura en el género, lo que aumenta el número de marcadores SSR disponibles y revela la base molecular de la adaptación a la invasión.