La contaminación por níquel (Ni) representa amenazas significativas para la salud humana y el desarrollo de cultivos a través de la cadena alimentaria. Este estudio tuvo como objetivo identificar las nuevas regiones genómicas y alelos superiores asociados con la acumulación de Ni en granos de trigo (L.) utilizando un análisis de asociación a nivel genómico (GWAS) con un panel de diversidad de 207 variedades de trigo pan. En total, se identificaron cinco loci genéticos únicos asociados con la acumulación de Ni, que explicaron, en promedio, entre el 8.20% y el 11.29% de la variación fenotípica. Entre ellos, tres loci genéticos únicos fueron verificados mutuamente por diferentes modelos estadísticos en al menos dos entornos, lo que indica su estabilidad en diferentes condiciones. Además, el nucleótido de rasgo cuantitativo (QTN) de mayor efecto AX-111126872, con un hotspot de locus de rasgo cuantitativo (QTL) en el cromosoma 6B identificado en este estudio, no había sido reportado previamente. Se revelaron tres genes candidatos putativos vinculados a la acumulación de Ni a partir de los loci genéticos estables. Entre ellos, un gen asociado con el locus genético estable en el cromosoma 6B (AX-111126872) codifica el () como un factor crítico que influye en la acumulación de Ni en los granos de trigo. Este estudio aumenta nuestra comprensión de la arquitectura genética de la acumulación de Ni en los granos de trigo, lo que podría ser útil para la obtención de variedades de trigo sin toxicidad por Ni.