Los pequeños ARN (sARN) son fundamentales en la regulación de la expresión génica y están involucrados en una amplia variedad de procesos biológicos. Entre estos, los microARN (miARN) y los pequeños ARN interferentes en fase (phasiARN) han sido ampliamente investigados en las últimas décadas. Realizamos un análisis en profundidad de datos de secuenciación profunda de la gimnosperma, abarcando bibliotecas de sARN, transcriptoma y degradoma. Nuestro análisis identificó un total de 746 miARN y 654 loci de precursor de phasiARN (PHAS), con 526 (80%) de los loci de PHAS predichos como activados por 515 miARN (69%). Se encontraron varios módulos miARN-PHAS, particularmente el módulo miR159/miR319-PHAS, que podrían regular el desarrollo reproductivo al dirigirse a genes y activar la biogénesis de phasiARN. El módulo miR390-PHAS parece estar involucrado en la biosíntesis de flavonoides al dirigirse a genes de enzimas clave como la chalcona sintasa y la sintasa de antocianinas. A través de la identificación de genes objetivo y el análisis de coexpresión, descubrimos dos modelos distintos de redes regulatorias complejas: factores relacionados con el crecimiento parecen ser regulados exclusivamente por miARN (Modelo 1), mientras que ciertos genes relacionados con la resistencia a enfermedades se predice que son regulados tanto por miARN como por phasiARN (Modelo 2), lo que indica diversos mecanismos regulatorios a través de diferentes procesos biológicos. En general, nuestro estudio proporciona una anotación completa de loci de miARN y PHAS en y elucida una red regulatoria post-transcripcional, ofreciendo nuevas perspectivas sobre la investigación de sARN en gimnospermas.