Nuevo enfoque para la detección de eventos de empalme alternativo normal y transcritos espliceogénicos aberrantes con PCR de largo alcance y secuenciación profunda de ARN
Autores: Drago, Vita etraji; Stegel, Vida; Blatnik, Ana; Klanar, Gaper; Krajc, Mateja; Novakovi, Srdjan
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La secuenciación de ARN es una técnica prometedora para detectar isoformas de ARN normales y aberrantes. Aquí, presentamos un nuevo protocolo sencillo de un día para la detección de alteraciones en el empalme con secuenciación profunda de ARN a partir de sangre. Hemos validado la precisión de nuestro método al detectar isoformas de empalme normales previamente publicadas del gen. Además, se utilizó la misma técnica para proporcionar el primer catálogo completo de eventos de empalme alternativo que ocurren de forma natural del gen en sangre. Además, demostramos que nuestro enfoque puede utilizarse para la detección de alteraciones en el empalme causadas por variantes genéticas. Por lo tanto, pudimos reclasificar tres variantes de significado incierto: :c.584G>A, :c.863-5_863-3delCTC y :c.615G>A. Debido a la simplicidad de nuestro enfoque, puede incorporarse a cualquier laboratorio de diagnóstico molecular para determinar el impacto de las variantes en el empalme.
Descripción
La secuenciación de ARN es una técnica prometedora para detectar isoformas de ARN normales y aberrantes. Aquí, presentamos un nuevo protocolo sencillo de un día para la detección de alteraciones en el empalme con secuenciación profunda de ARN a partir de sangre. Hemos validado la precisión de nuestro método al detectar isoformas de empalme normales previamente publicadas del gen. Además, se utilizó la misma técnica para proporcionar el primer catálogo completo de eventos de empalme alternativo que ocurren de forma natural del gen en sangre. Además, demostramos que nuestro enfoque puede utilizarse para la detección de alteraciones en el empalme causadas por variantes genéticas. Por lo tanto, pudimos reclasificar tres variantes de significado incierto: :c.584G>A, :c.863-5_863-3delCTC y :c.615G>A. Debido a la simplicidad de nuestro enfoque, puede incorporarse a cualquier laboratorio de diagnóstico molecular para determinar el impacto de las variantes en el empalme.