La aparición de enfermedades virales zoonóticas, ejemplificada notablemente por la reciente pandemia de la enfermedad por coronavirus en 2019 (COVID-19), subraya la necesidad crítica de entender la dinámica de los virus que circulan en las poblaciones de vida silvestre. Este estudio tuvo como objetivo investigar la diversidad de coronavirus en poblaciones de murciélagos del noreste de Brasil, particularmente en el estado de Ceará, donde se ha realizado poca investigación sobre patógenos de murciélagos anteriormente. Se realizó un muestreo de murciélagos entre marzo de 2021 y marzo de 2022 en tres municipios, lo que resultó en la recolección de hisopos orales y rectales de 298 individuos capturados. Los análisis moleculares revelaron alfacoronavirus en múltiples especies de murciélagos. Además, se identificó un nuevo coronavirus que no se encuadra dentro de un subgénero establecido. La colocación filogenética de estas nuevas secuencias de coronavirus sugiere que linajes de coronavirus estrechamente relacionados pueden infectar una amplia gama de especies de murciélagos muestreadas en estados y biomas brasileños distantes. No se encontraron virus SARS-CoV-2 ni de influenza A en los murciélagos muestreados. Estos hallazgos amplían nuestra comprensión de la diversidad de coronavirus en murciélagos brasileños. La detección de coronavirus en varias especies de murciélagos subraya la importancia de los murciélagos como reservorios de estos virus. La ausencia de SARS-CoV-2 en los murciélagos muestreados indica una falta de eventos de retroceso de fuentes humanas o ambientales. Sin embargo, el potencial para futuros eventos de transmisión subraya la importancia de la vigilancia continua y los protocolos de mitigación de transmisión en las prácticas de manejo de vida silvestre.