Este estudio tuvo como objetivo identificar especies en pequeños mamíferos no voladores capturados en fragmentos de bosque semi-deciduos de la Mata Atlántica y pastizales en la región suroeste del estado de Bahía, en el noreste de Brasil. Se capturaron un total de 445 animales pertenecientes a 11 especies diferentes. Se recolectaron fragmentos de hígado, bazo, riñón, corazón y pulmón para un diagnóstico molecular posterior. La amplificación de kDNA de spp. en muestras positivas se realizó utilizando la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR). La identificación de especies se llevó a cabo mediante PCR anidada, seguida de secuenciación. La infección por spp. se detectó en el 2.92% (13/445) de los animales. La secuenciación reveló que tres animales estaban infectados, mientras que la especie del agente en los otros animales no pudo ser determinada. Los resultados indican la presencia de spp. en la región estudiada, afectando principalmente a la fauna local. Estos hallazgos no solo destacan el riesgo de transmisión a animales domésticos y humanos en contacto cercano con el bosque restante, sino que también subrayan el papel crítico de estos fragmentos en el apoyo a la fauna nativa. Sin embargo, vale la pena señalar que la deforestación continua de estos remanentes forestales podría llevar a un aumento del contacto entre la fauna silvestre, los animales domésticos y los humanos, elevando así el riesgo de transmisión.