Las lagunas de Mundaú y Manguaba (9° 34’ 38”-9° 45’ 30” S y 35° 44’ 00”-35° 58’ 13” O) se consideran las más grandes y productivas del estado de Alagoas y se estudiaron con el fin de identificar la existencia de impactos antrópicos. Se recolectaron muestras en ocho estaciones, durante la marea baja y las inundaciones en los períodos lluvioso y seco, utilizando la botella “Van Dorn” y una red de plancton. En total, se identificaron 155 taxones, con especial énfasis en las divisiones Bacillariophyta y Cyanophyta. La especie más abundante en la laguna de Mundaú fue Skeletonema cf. costatum, y en la laguna de Manguaba, Cyclotella meneghiniana, Microcystis aeruginosa y Anabaena spiroides. La diversidad osciló entre 0,17 μg/l y 4,81 μg/l. El predominio de especies de agua dulce (51%) evidenció una mayor influencia del flujo limnético en los dos ambientes estudiados. Los altos valores de densidad fitoplanctónica caracterizan a las lagunas como ambientes fuertemente impactados, lo que indica la existencia de condiciones eutróficas en la mayoría de las estaciones estudiadas.