Hemos introducido un nuevo enfoque prometedor para la determinación de las constantes de pKa de fluoróforos intrínsecos de oligopéptidos y componentes espectrales que hacen referencia a sus estados cargados de manera diferente. El método se basa en el análisis factorial de datos de titulación de pH espectroscópica de múltiples longitudes de onda. Como ilustración, presentamos su aplicación en el estudio de segmentos cortos de la caja MADS, que es una secuencia altamente conservada de una llamada familia de factores de transcripción, mediante técnicas de absorción UV y espectroscopías de fluorescencia. Los oligopéptidos investigados no contienen triptófano pero sí una tirosina que sirve como fluoróforo y absorbedor intrínseco. Los resultados indican tanto una buena sensibilidad como selectividad espectroscópica de nuestro método, que por lo tanto puede considerarse como una técnica complementaria a los métodos electroquímicos convencionales.