La erosión genética continua de las poblaciones naturales en sus hábitats nativos subraya la urgente necesidad de estrategias de conservación y restauración específicas. Este estudio proporciona la primera caracterización integral de las poblaciones en la región de Almaty, Kazajistán, integrando descriptores morfológicos (46 parámetros), marcadores moleculares, análisis geobotánicos y de teledetección. Los análisis geobotánicos y de teledetección mejoraron la comprensión de la distribución de accesiones, características geológicas y la salud del ecosistema en los sitios, al mismo tiempo que revelaron su vulnerabilidad a diversas amenazas bióticas y abióticas. De 111 accesiones clasificadas morfológicamente, 54 fueron analizadas con 13 marcadores de repeticiones en secuencia simple (SSR) y cuatro regiones de código de barras de ADN. Nuestros hallazgos demuestran la necesidad de análisis morfológicos y moleculares integrados para diferenciar accesiones estrechamente relacionadas. El análisis genético identificó 11 poblaciones distintas con alta heterocigosidad y una variabilidad genética sustancial. Ocho poblaciones exhibieron un 100% de polimorfismo, lo que indica su potencial como fuentes de diversidad genética adaptativa. El análisis de clúster agrupó las poblaciones en tres clústeres geográficos, sugiriendo un flujo genético limitado a través de los Gorges (características de un paisaje montañoso) y una mayor conectividad dentro de ellos. Estos hallazgos subrayan la necesidad de estrategias de conservación específicas para cada sitio, especialmente para poblaciones genéticamente distintas y aisladas con perfiles alélicos únicos. Este estudio proporciona una base valiosa para priorizar objetivos de conservación, confirmar redundancias genéticas y preservar la unicidad genética para mejorar la eficiencia y efectividad de la futura conservación y uso de recursos genéticos en la región.