Dexma: un paquete de R para realizar metaanálisis de expresión génica con genes faltantes
Autores: Villatoro-García, Juan Antonio; Martorell-Marugán, Jordi; Toro-Domínguez, Daniel; Román-Montoya, Yolanda; Femia, Pedro; Carmona-Sáez, Pedro
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Matemáticas
Subcategoría
Matemáticas generales
Palabras clave
Metaanálisis
Transcriptómica
DExMA
Expresión génica
Software estadístico
Bioconductor
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 28
Citaciones: Sin citaciones
Las técnicas de metaanálisis permiten a los investigadores analizar conjuntamente diferentes estudios para determinar efectos comunes. En el campo de la transcriptómica, estos métodos han ganado popularidad en los últimos años debido al creciente número de conjuntos de datos disponibles en repositorios públicos. A pesar de esto, hay un número limitado de paquetes de software estadístico que implementan funcionalidades adecuadas de metaanálisis para este tipo de datos. Este artículo describe DExMA, un paquete de R que proporciona un conjunto de funciones para realizar metaanálisis de expresión génica, desde la descarga de datos hasta la visualización de resultados. Además, implementamos funciones para controlar el número de genes faltantes, lo cual puede ser un problema importante al comparar estudios generados con diferentes plataformas analíticas. DExMA está disponible de forma gratuita en el repositorio de Bioconductor.
Descripción
Las técnicas de metaanálisis permiten a los investigadores analizar conjuntamente diferentes estudios para determinar efectos comunes. En el campo de la transcriptómica, estos métodos han ganado popularidad en los últimos años debido al creciente número de conjuntos de datos disponibles en repositorios públicos. A pesar de esto, hay un número limitado de paquetes de software estadístico que implementan funcionalidades adecuadas de metaanálisis para este tipo de datos. Este artículo describe DExMA, un paquete de R que proporciona un conjunto de funciones para realizar metaanálisis de expresión génica, desde la descarga de datos hasta la visualización de resultados. Además, implementamos funciones para controlar el número de genes faltantes, lo cual puede ser un problema importante al comparar estudios generados con diferentes plataformas analíticas. DExMA está disponible de forma gratuita en el repositorio de Bioconductor.