Se estudió el micro y mesozooplancton en el estuario de Sergipe, noreste de Brasil, para evaluar la variabilidad temporal de la abundancia y la biodiversidad en condiciones de estrés (contaminación urbana). Se recolectaron muestras de zooplancton y datos abióticos en una estación durante un ciclo de mareas completo en julio de 2001 y febrero de 2002, correspondientes a las estaciones lluviosa y seca, respectivamente. El régimen de salinidad fue euhalino-polihalino. Los niveles de fosfato y oxígeno disuelto fueron más altos en julio de 2001, y de nitrito, nitrato y amoníaco en febrero de 2002. Las concentraciones de clorofila-a fueron bajas debido a la limitación lumínica, con 1,18 ± 0,88 µg.m⁻³ en febrero y 1,53 ± 1,48 µg.m⁻³ en julio. Se identificaron cincuenta y nueve taxones de zooplancton. El microzooplancton fue abundante, principalmente el tintínido Favella ehrenbergii, y osciló entre 18.649 ind.m⁻³ en julio y 678.009 ind.m⁻³ en febrero. El mesozooplancton osciló entre 1.537 ind.m⁻³ en julio y 37.062 ind.m⁻³ en febrero, y estuvo dominado por nauplios de percebes en julio y copépodos en febrero. El análisis de conglomerados por taxones reveló la existencia de tres grupos distintos: especies resilientes, características de las zonas estuarinas y presentes durante todo el año; especies principalmente más abundantes en julio (indicadoras de una condición ambiental más saludable); y especies más abundantes en febrero (tolerantes a la mala calidad del agua).