Las alteraciones en la concentración de metano en la columna de agua de los sistemas acuáticos están estrechamente relacionadas con los procesos de producción y consumo de este gas, es decir, la metanogénesis y la metanotrofia, respectivamente. El objetivo de esta investigación es evaluar la dinámica del metano a través de la variación diurna de la concentración de este gas en la columna de agua de dos lagos con diferente estado trófico en el campus de la Fundación Universidade do Rio Grande (FURG). En dos períodos de muestreo (noviembre de 2001 y julio de 2002), las concentraciones de metano en la columna de agua fueron significativamente mayores (3,66 y 0,41 µmoles.L–1, respectivamente) en el Lago dos Biguás, con características mesoeutróficas, en comparación con el Lago Polegar (1,43 y 0,19 µmoles.L–1, respectivamente), que presenta características oligotróficas. Las mayores concentraciones de metano se detectaron en noviembre de 2001, cuando también se detectó una temperatura más alta. Los resultados destacaron la importancia del estado trófico y la estacionalidad para la dinámica del metano en estos ecosistemas.