Este estudio analizó las variaciones verticales y temporales de las cianobacterias en un sistema de suministro de agua potable en el noreste de Brasil. Se recolectaron muestras de cuatro profundidades de embalse durante cuatro meses: septiembre y diciembre de 2007, y marzo y junio de 2008. Las muestras de agua para la determinación de nutrientes y cianobacterias se obtuvieron utilizando una botella Van Dorn horizontal. Las muestras se conservaron en formaldehído al 4% para su análisis taxonómico mediante un microscopio óptico, y alícuotas de agua se conservaron en solución de Lugol acético para la determinación de la densidad mediante un microscopio invertido. A lo largo del estudio se observaron altas temperaturas del agua, pH alcalino, baja transparencia, alto contenido de fósforo y bajo contenido de nitrógeno. La estratificación del oxígeno disuelto se observó durante todo el período de estudio, mientras que la estratificación de la temperatura se observó en todos los meses de muestreo, con excepción de junio. No se registraron diferencias verticales significativas en la turbidez ni en las formas totales y disueltas de nutrientes. Se observaron altos niveles de biomasa provenientes de Planktothrix agardhii, Cylindrospermopsis raciborskii, Geitlerinema amphibium y Pseudanabaena catenata. El estudio demuestra que, en un ambiente eutrófico tropical con altas temperaturas en toda la columna de agua, las floraciones perennes de cianobacterias multiespecíficas, formadas por especies capaces de regular su posición en la columna de agua (aquellas que poseen vesículas de gas para la flotabilidad), son dominantes en los estratos fótico y afótico.