N-metiladenosina (mA) sirve como una modificación reguladora crítica en el ARNm de las plantas. En el complejo TRM61/TRM6, funciona como metiltransferasa mA58, esencial para la organogénesis, la reproducción y la señalización hormonal. Sin embargo, la dinámica evolutiva del complejo TRM61/TRM6 a través de los linajes de plantas sigue siendo poco comprendida. En este estudio, identificamos sistemáticamente los homólogos de TRM6 y TRM61 en 306 especies de plantas y descubrimos las trayectorias evolutivas conservadas entre ellos. Estas dos subunidades de metiltransferasa retienen motivos estructurales conservados, respectivamente, y exhiben patrones de expresión coordinados en las plantas. En el trigo (Triticum aestivum) y sus progenitores, las proteínas TRM6 y TRM61 demuestran coordinación evolutiva asociada a la poliploidia. Sus promotores albergan elementos responsivos al estrés, a la luz y a hormonas. Además, los genes TRM6 y TRM61 en el trigo exhiben perfiles de expresión diversos a través de tejidos en desarrollo y bajo condiciones de estrés abiótico. Las diferencias en la frecuencia alélica entre las variantes silvestres y domesticadas de las poblaciones de trigo sugieren que pueden haber sido objeto de selección durante la domesticación y mejora del trigo. Este estudio proporciona un marco evolutivo para el complejo TRM61/TRM6.