Los ensambles de macroinvertebrados bentónicos se estructuran según parámetros físicos y químicos que definen los microhábitats, incluyendo el suministro de alimento, el refugio para escapar de depredadores y otros parámetros biológicos que influyen en el éxito reproductivo. El objetivo de este estudio es investigar la distribución espacial y temporal de los ensambles de macroinvertebrados en la cuenca del río Macaé, en el estado de Río de Janeiro, sureste de Brasil. Según la “Hoja de Datos de Campo para la Evaluación del Hábitat – Arroyos de Alto Gradiente” (Barbour et al., 1999), los cinco sitios de muestreo se consideran una condición de referencia. A pesar de las diferencias en los parámetros hidrológicos (ancho medio, profundidad y caudal) entre los sitios, los parámetros fisicoquímicos y la estructura general de los grupos funcionales de alimentación fueron similares, excepto en el área menos impactada, que mostró más destructores. Según el Análisis de Correspondencias Detrended basado en sustratos, existe una clara distinción entre los ensambles de charcas y rápidos. De hecho, el sustrato de hojarasca de rápidos presentó una mayor riqueza y abundancia de taxones, pero el sustrato de hojarasca de charca presentó el mayor número de taxones exclusivos. Un análisis de conglomerados basado en datos de sitios de muestreo mostró que la variación temporal fue el factor principal en la estructuración de los ensambles de macroinvertebrados en los hábitats estudiados.