Las comunidades de zooplancton suelen presentar migraciones verticales diarias para evitar la radiación ultravioleta natural y/o la depredación por peces. Sin embargo, hasta la fecha, no existe información sobre este tema en los lagos norpatagónicos chilenos. Por lo tanto, este estudio aborda una primera caracterización de la migración vertical diaria de crustáceos planctónicos en dos lagos templados oligotróficos (Villarrica y Panguipulli, 39°S) del sur de Chile. Se recolectó zooplancton a diferentes profundidades (0-10 m, 10-20 m, 20-30 m, 30-40 m) en la madrugada, mediodía, tarde y noche en el sitio de estudio. Los resultados revelaron que las especies de zooplancton (Daphnia pulex, Ceriodaphnia dubia, Neobosmina chilensis, Mesocyclops araucanus y Tropocyclops prasinus) son abundantes en las zonas superficiales durante la noche, la madrugada y la tarde, mientras que al mediodía la abundancia de zooplancton es alta en las zonas profundas. Los resultados concuerdan con las observaciones para lagos argentinos y norteamericanos, donde estos patrones de migración diaria en especies de crustáceos de zooplancton se deben principalmente a la exposición natural a la radiación ultravioleta, mientras que en los lagos del hemisferio norte la migración vertical se debe al efecto combinado de la radiación ultravioleta natural y la exposición a la depredación de peces.