Dado que los microorganismos son componentes importantes en la estructura y función de los sistemas hídricos, el presente artículo informa sobre el trabajo realizado para identificar los grupos que conforman las comunidades bacterianas presentes en el agua de riego del arroz. Para ello, se recolectaron muestras de agua en cinco zonas arroceras del estado de Rio Grande do Sul, Brasil. La identificación de los principales grupos bacterianos presentes en las zonas inundadas se realizó con base en la morfología de las colonias, considerando la forma, la elevación y los bordes. La estructura celular interna y externa se caracterizó como cocos o bacilos, grampositivas o gramnegativas, y formadoras de esporas o no. Los resultados obtenidos en cuanto a la densidad y distribución bacteriana en las muestras de agua de las zonas arroceras de Rio Grande do Sul mostraron una mayor abundancia de morfotipos de colonias bacterianas en los canales de riego (F1, 12 = 8,74; p < 0,05) en comparación con las parcelas de cultivo en las cinco regiones de producción, y en la fase final del cultivo (F1, 12 = 8,86; p < 0,05). En las cinco zonas productoras de arroz, la presencia de bacilos grampositivos y formadores de esporas fue prevalente. Los bacilos mostraron mayor abundancia (F1, 26 = 15,12; p < 0,05) en la fase temprana del cultivo, con una prevalencia significativa de bacilos grampositivos (F1, 26 = 25,99; p < 0,05) en todas las regiones arroceras investigadas. El grupo de bacterias formadoras de esporas fue significativamente más abundante (F1, 30 = 14,06; p < 0,05) en comparación con las no formadoras de esporas en todas las regiones investigadas. Los datos mostraron que el cultivo de arroz de regadío afecta la densidad y el morfotipo de colonias de las bacterias presentes en el agua utilizada para inundar las parcelas de cultivo.