Los ARN no codificantes largos se han estudiado a fondo en plantas, animales y levaduras, donde desempeñan importantes funciones como reguladores de la transcripción. Sin embargo, casi nada se sabe sobre su presencia y características en hongos filamentosos, especialmente en basidiomicetos. En el presente estudio, hemos llevado a cabo una exhaustiva anotación y caracterización de lncRNAs en dos basidiomicetos degradadores de lignina, Coniophora puteana y Serpula lacrymans. Identificamos 2.712 putativos lncRNAs en la primera y 2.242 en la segunda, principalmente originados en localizaciones intergénicas de regiones genómicas escasas en transposones. La longitud de los lncRNAs, el contenido en GC, los niveles de expresión y la estabilidad de la estructura secundaria difieren de los transcritos codificantes, pero son similares en estas dos especies y se asemejan a los de otros eucariotas. Sin embargo, carecen de conservación de secuencia. Además, encontramos que los lncRNAs están regulados transcripcionalmente en la misma proporción que los genes cuando el hongo descompone activamente la materia orgánica del suelo. Por último, hasta el 7% de las regiones génicas aguas arriba de Coniophora puteana y Serpula lacrymans se transcriben y producen lncRNAs. El estudio de las tendencias de expresión en estos pares gen-ARNlnc descubrió grupos con perfiles transcripcionales similares y opuestos que pueden ser el resultado de la regulación cis-transcripcional.