La evolución del aislamiento intrínseco tras el apareamiento ha recibido mucha atención, tanto históricamente como en estudios recientes sobre genes de especiación. El aislamiento intrínseco suele deberse a incompatibilidades genéticas entre los locus, cuando alelos que funcionan bien dentro de una especie son incompatibles entre sí al juntarse en el genoma de un híbrido. Puede ser difícil que tales incompatibilidades se originen cuando las poblaciones divergen con el flujo genético, porque se crearán combinaciones genotípicas deletéreas que luego serán purgadas por la selección. Sin embargo, se ha argumentado que si los genes subyacentes a las incompatibilidades están sujetos a una selección divergente, podrían superar el flujo genético y divergir entre poblaciones, dando lugar al origen de las incompatibilidades. Sin embargo, apenas se han explorado matemáticamente de forma explícita estos escenarios para el origen de incompatibilidades intrínsecas durante la especiación ecológica con flujo génico. Aquí exploramos modelos teóricos para el origen del aislamiento intrínseco en los que genes sujetos a selección natural divergente también afectan al aislamiento intrínseco, ya sea directamente o a través del desequilibrio de ligamiento con otros loci. Tales genes superan efectivamente el flujo génico, divergen entre poblaciones y, por tanto, dan lugar a la evolución del aislamiento intrínseco. También examinamos las barreras al flujo génico neutro. Sorprendentemente, descubrimos que el aislamiento intrínseco a veces debilita esta barrera, al impedir la diferenciación mediante selección divergente de base ecológica.