Una gran diversidad de microorganismos en el suelo desempeña un papel importante en la sostenibilidad de los sistemas de producción agrícola. Entre estos microorganismos se encuentran las bacterias que tienen la capacidad de fijar el nitrógeno atmosférico o mineralizar el fósforo, haciéndolo así fácilmente asimilable para las plantas. El maíz es el principal cultivo en la sierra de Ecuador (por encima de los 2000 metros) y es predominantemente tradicional, utilizando semillas nativas y muy pocos o ningún agroquímico. El Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias (INIAP) cuenta con una colección de bacterias recolectadas de la rizosfera del maíz en la sierra de Ecuador que no ha sido identificada taxonómicamente. Esta investigación tuvo como objetivo realizar una caracterización bioquímica y genética para establecer la identidad de las bacterias fijadoras de nitrógeno y solubilizadoras de fósforo colectadas y conocer mejor la diversidad de microorganismos presentes en el bioma radicular del maíz andino. La hipótesis consistió en determinar si existen diferencias en las bacterias asociadas a la rizosfera del maíz en la región andina de Ecuador en comparación con otras regiones. Las bacterias fueron sometidas a caracterización bioquímica clásica basada en catalasa, oxidasa, ureasa, sulfatos, indol, motilidad sulfato-indol (SIM) y lactosa, entre otras, e identificación genética por secuenciación del gen ribosomal 16S rDNA, PCR y secuenciación SANGER. Se encontró una gran diversidad de microorganismos asociados a la rizosfera del cultivo, incluyendo los géneros Agrobacterium, Bacillus, Stenotrophomonas, Acinetobacter, Brevundimonas, Pseudomonas y Pseudoxanthomonas. El INIAP conserva estas bacterias en un banco de microorganismos asociados a cultivos de importancia económica. Son útiles para el desarrollo de biofertilizantes que podrían contribuir a una agricultura más sostenible en la región.