Los escenarios estimados de cambio climático exigen cultivares de café robustos tolerantes a temperaturas supraóptimas, déficit hídrico, enfermedades y otros estrés. Las especies silvestres representan recursos genéticos importantes para la resiliencia. El estudio de las variaciones en las estructuras morfológicas asociadas con el control de la transpiración, como los estomas, representa un enfoque importante para identificar genotipos con mayor tolerancia al estrés. Este estudio evaluó la densidad y morfología estomática en 48 accesiones silvestres, 24 de y 24 de , de provincias de Mozambique. Las muestras de hojas proporcionaron imágenes microscópicas para evaluar los rasgos estomáticos: densidad (SD), diámetro polar (PD), diámetro ecuatorial (ED), funcionalidad estomática (SF) y masa seca de la hoja. Se analizaron componentes principales para las 48 accesiones y por separado por especies. Se probó la independencia de la distribución media con la prueba de Mann-Whitney (< 0.05). Los resultados revelaron variación inter e intraespecífica. La capacidad para distinguir accesiones varía con el conjunto de rasgos y especies. Una correlación negativa significativa entre ED y SF fue compartida por ambas especies, sugiriendo un patrón funcional conservado. Este estudio discute las diferencias en los rasgos estomáticos entre especies de café silvestres y comerciales y aspectos relacionados con posibles alteraciones de las estructuras estomáticas durante su adaptación al cambio climático. Además, señala accesiones con potencial uso en programas de mejoramiento genético para aumentar la función estomática y la posible adaptación de nuevos cultivares.