La salinidad del suelo es una amenaza seria para la producción de alimentos ahora y en un futuro cercano. En este estudio, se evaluó el sistema radicular de seis genotipos de trigo duro, incluyendo uno altamente tolerante a la sal (J. Khetifa) utilizado como genotipo de control, mediante un sistema de fenotipado de alto rendimiento, bajo condiciones de control y de sal en la etapa de plántula. La genotipificación se realizó utilizando 11 marcadores SSR estrechamente vinculados con regiones del genoma asociadas con rasgos radiculares. Basado en el análisis de clúster fenotípico, los genotipos se agruparon de manera diferente bajo condiciones de control y de sal. Bajo condiciones de control, los genotipos se agruparon principalmente debido a un ángulo de raíz, mientras que bajo estrés salino, los genotipos se agruparon según su capacidad para mantener una mayor longitud, volumen y área superficial de raíces, como J. Khetifa, Sebatel y Azeghar. El análisis SSR identificó un total de 42 alelos, con un promedio de aproximadamente tres alelos por marcador. Además, se obtuvieron un número bastante alto de alelos privados en total, 18. El fenograma UPGMA de los clústeres de distancia genética de Nei (1972) para 11 marcadores SSR y todos los datos fenotípicos bajo condiciones de control discrimina los genotipos casi en los mismos grupos. El estudio reveló que la combinación de sistemas de alto rendimiento para fenotipado con marcadores SSR para genotipificación es una herramienta útil para proporcionar datos importantes para la selección de líneas parentales adecuadas para la mejora de la tolerancia a la sal. Sin embargo, el ángulo de raíz estrecho, que es un rasgo importante en la tolerancia a la sequía, no es un buen indicador de tolerancia a la sal. En cambio, para la tolerancia a la sal, es más importante la cantidad de raíces.