La nutria neotropical es una de las especies de nutria menos conocidas y se considera amenazada en diversos grados a lo largo de su área de distribución geográfica. Existe poca información sobre las características ecológicas de esta especie y, hasta la fecha, no se ha publicado ningún estudio genético al respecto, lo que dificulta el diseño de estrategias de conservación adecuadas para sus poblaciones. Para contribuir con información genética a los esfuerzos integrales de conservación de L. longicaudis, caracterizamos la diversidad molecular de la porción 5 de la región de control del ADNmt en muestras de esta especie recolectadas en el sur y sureste de Brasil. El análisis de secuencias reveló una alta diversidad de haplotipos (h = 0,819; EE = 0,0052) y una variabilidad de nucleótidos que oscila entre 0,0039 y 0,0067. Uno de los haplotipos muestreados fue el más común en ambas regiones y, a partir de esta secuencia, se pudieron derivar varios otros haplotipos (locales) mediante mutaciones puntuales. No se observó diferenciación genética significativa entre las regiones sur y sureste.