El objetivo de este trabajo fue analizar la variabilidad genética en 18 poblaciones de Maytenus ilicifolia y representantes de Maytenus aquifolia y Maytenus evonymoidis, recolectadas en los estados de Mato Grosso do Sul, Paraná, Santa Catarina y Rio Grande do Sul, utilizando marcadores moleculares RAPD. Considerando el total de muestras de las tres especies, se identificaron 263 fragmentos amplificados, de los cuales el 72,2% resultó ser polimorfo. El índice de similitud (coeficiente de Jaccard) fue, en promedio, de 0,64 entre M. ilicifolia y M. aquifolia; de 0,47 entre M. ilicifolia y M. evonymoidis; y de 0,44 entre M. aquifolia y M. evonymoidis. El análisis de agrupaciones mediante el algoritmo UPGMA permitió separar claramente las tres especies analizadas. Al determinar la variabilidad en M. ilicifolia, se identificaron 222 bandas, con un promedio de 11,1 bandas por cebador, siendo el 43,2% polimorfas. El índice de similitud (coeficiente de Jaccard) en los volúmenes de cada población de M. ilicifolia fue, en promedio, de 0,92 y el índice de similitud entre las poblaciones fue de 0,83. El análisis de agrupaciones con el algoritmo UPGMA y el análisis de la coordinación principal (PCO) permitieron separar las poblaciones analizadas en tres grupos, destacando las poblaciones del sur de Rio Grande do Sul y la población de Mato Grosso do Sul. Se observó una relación entre las agrupaciones encontradas y las condiciones edafoclimáticas de los lugares de recolección.