Diversidad genética y estudio de asociación de genoma completo de germoplasma
Autores: Li, Qian; Ying, Xuebing; Yang, Yashu; Gao, Wei
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 40
Citaciones: Sin citaciones
Es apreciado por los consumidores por su sabor distintivo, aroma fuerte y textura densa y crujiente. Aunque China tiene amplios recursos de germoplasma para , solo un número limitado de cultivares están disponibles comercialmente. Una evaluación exhaustiva y un análisis detallado del germoplasma, junto con la exploración de recursos de germoplasma superiores, son esenciales para el desarrollo de nuevas variedades. En este estudio, secuenciamos de nuevo los genomas de 47 cepas recolectadas a nivel nacional, identificando un total de 4,430,948 loci de polimorfismo de nucleótido único (SNP). Después de filtrar según la frecuencia alélica menor y la integridad de los datos, se retuvieron 181,731 marcadores de SNP de alta calidad. El análisis filogenético agrupó las cepas en seis grupos, con cepas de regiones geográficas similares agrupadas juntas. La mayoría de las cepas de CBS formaron un solo grupo; las variedades cultivadas mostraron una mayor similitud genética, mientras que las cepas silvestres mostraron una mayor diversidad. El análisis de componentes principales (PCA) y los análisis de estructura de la población, utilizando los mismos marcadores de SNP, corroboraron los hallazgos filogenéticos. El análisis de huellas dactilares de ADN, derivado de 369 SNP centrales, subrayó aún más la diversidad genética entre las cepas. Se observó una variación morfológica significativa, con cepas en los grupos ZP, CBS y WHLJ que mostraron rendimientos notablemente más altos y anchos de tapa en comparación con otros grupos. El análisis de correlación reveló asociaciones entre varios fenotipos, mientras que el estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) identificó múltiples marcadores de SNP dentro de genes candidatos vinculados a rasgos agronómicos, la mayoría de los cuales estaban controlados por múltiples genes. Esta investigación ofrece una caracterización y evaluación a nivel molecular de los recursos de germoplasma, proporcionando una base científica para enriquecer el germoplasma disponible y avanzar en los materiales de cría.
Descripción
Es apreciado por los consumidores por su sabor distintivo, aroma fuerte y textura densa y crujiente. Aunque China tiene amplios recursos de germoplasma para , solo un número limitado de cultivares están disponibles comercialmente. Una evaluación exhaustiva y un análisis detallado del germoplasma, junto con la exploración de recursos de germoplasma superiores, son esenciales para el desarrollo de nuevas variedades. En este estudio, secuenciamos de nuevo los genomas de 47 cepas recolectadas a nivel nacional, identificando un total de 4,430,948 loci de polimorfismo de nucleótido único (SNP). Después de filtrar según la frecuencia alélica menor y la integridad de los datos, se retuvieron 181,731 marcadores de SNP de alta calidad. El análisis filogenético agrupó las cepas en seis grupos, con cepas de regiones geográficas similares agrupadas juntas. La mayoría de las cepas de CBS formaron un solo grupo; las variedades cultivadas mostraron una mayor similitud genética, mientras que las cepas silvestres mostraron una mayor diversidad. El análisis de componentes principales (PCA) y los análisis de estructura de la población, utilizando los mismos marcadores de SNP, corroboraron los hallazgos filogenéticos. El análisis de huellas dactilares de ADN, derivado de 369 SNP centrales, subrayó aún más la diversidad genética entre las cepas. Se observó una variación morfológica significativa, con cepas en los grupos ZP, CBS y WHLJ que mostraron rendimientos notablemente más altos y anchos de tapa en comparación con otros grupos. El análisis de correlación reveló asociaciones entre varios fenotipos, mientras que el estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) identificó múltiples marcadores de SNP dentro de genes candidatos vinculados a rasgos agronómicos, la mayoría de los cuales estaban controlados por múltiples genes. Esta investigación ofrece una caracterización y evaluación a nivel molecular de los recursos de germoplasma, proporcionando una base científica para enriquecer el germoplasma disponible y avanzar en los materiales de cría.