Ecuador es uno de los países más pequeños y densamente poblados de Sudamérica. A pesar de ello, también es uno de los 17 países megadiversos del mundo y alberga el mayor número de especies por unidad de superficie. La mayoría de los ecosistemas acuáticos del Ecuador continental han sufrido históricamente fuertes presiones medioambientales, ya que la economía del país se ha basado en la explotación y el comercio de materias primas y productos agrícolas con un coste medioambiental muy elevado. En esta revisión, ofrecemos una amplia visión general de la diversidad de los ecosistemas de agua dulce y los peces del Ecuador continental. Abordamos de manera general las amenazas actuales e históricas a estos ecosistemas, incluida la contaminación debida a la extracción de petróleo, las actividades mineras, la agricultura y la alteración de la conectividad hidrológica causada por las presas hidroeléctricas. A pesar de estos problemas, mostramos algunos ejemplos de iniciativas prometedoras a nivel local y nacional para hacer frente a esta situación.