La estructura física de un hábitat (por ejemplo, la fragmentación) puede afectar a la distribución de la diversidad genética dentro de una población, y la diversidad genética puede alterar la función ecológica. Este estudio investiga la genética poblacional de la hierba marina de la bahía de Humboldt (California) a la luz de la estructura física fragmentada del hábitat. Las operaciones de dragado históricas y en curso en la bahía mantienen canales entre las marismas fragmentadas que están habitadas por la hierba marina. Una muestra de 469 individuos, procedentes de 11 fragmentos distintos, fue genotipada mediante análisis de microsatélites. Se recogieron rémets en múltiples puntos situados en el borde y en el interior de cada fragmento. El esquema de muestreo se diseñó para detectar evidencias de estructura poblacional dentro de los fragmentos y entre ellos, así como entre las posiciones de los lechos en el borde y en el interior. La diversidad genética no muestra diferencias entre fragmentos y no es coherente con una clonalidad generalizada. Los niveles de heterocigosidad indican que el equilibrio de Hardy-Weinberg predomina en los loci en la mayoría de los casos. Las comparaciones de las posiciones en el borde y en el lecho interior también revelan similitudes entre las posiciones para las métricas descritas anteriormente. Los resultados sugieren un flujo genético eficiente entre fragmentos y entre posiciones de lecho. Tales hallazgos, que indican la naturaleza no estructurada de la población, pueden orientar a los gestores de recursos a la hora de tomar decisiones de conservación evolutivamente informadas, desaconsejando los supuestos de baja diversidad genética y reproducción sexual insignificante.