En este trabajo, se analizaron las variaciones espaciales y temporales en la diversidad (riqueza de especies e Índice de Diversidad de Simpson) y abundancia (indexada por la captura por unidad de esfuerzo - CPUE; total y para grupos reproductivos) de peces de tres ríos (Baía, Ivinheima y Paraná) ubicados en una llanura aluvial de la cuenca alta del río Paraná durante un período de 20 años (1987-2007). Además, se evaluó la relación entre estos atributos ecológicos y las variaciones en el régimen hidrológico, considerando los posibles efectos de perturbaciones naturales (eventos climáticos) y artificiales (control de descargas mediante represas). Las variaciones anuales en los atributos hidrométricos se calcularon utilizando el software PULSO y datos diarios del nivel de agua. Se aplicó un análisis de covarianza para determinar las relaciones entre los atributos ecológicos e hidrométricos, estos últimos resumidos en los ejes de un análisis de componentes principales. Se registraron valores más bajos de los atributos de la asociación de peces (diversidad y abundancia) en el río Paraná. La riqueza de especies, la CPUE total y la CPUE de las especies migratorias de larga distancia se relacionaron positivamente con la duración de las inundaciones y la conectividad de la zona. Las variaciones en el ciclo hidrológico anual y sus efectos sobre la comunidad de peces parecen verse afectados por eventos extremos naturales (ENOS) y artificiales (control de descargas mediante presas).