El análisis filogenético molecular de secuencias de ARNr 16S identificó dos linajes de cepas de Helicobacter pylori detectadas en distintas regiones de Sudán, lo que sugiere una evolución diferencial
Autores: Abeer Babiker, Idris; Hadeel Gassim, Hassan; Maryam Atif Salaheldin, Ali; Sulafa Mohamed, Eltaher; Leena Babiker, Idris; Hisham N., Altayb; Amin Mohamed, Abass; Mustafa Mohammed Ahmed, Ibrahim; El-Amin Mohamed, Ibrahim; Mohamed A., Hassan
Idioma: Inglés
Editor: Hindawi
Año: 2020
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 15
Citaciones: Sin citaciones
Antecedentes. Helicobacter pylori (H. pylori) es omnipresente entre los humanos y uno de los ejemplos mejor estudiados de asociación íntima entre bacterias y seres humanos. Se sabe que la filogenia y la filogeografía de las cepas de H. pylori reflejan patrones de migración humana y acontecimientos demográficos significativos en la prehistoria humana. En este estudio, analizamos la evolución molecular de las cepas de H. pylori detectadas en diferentes tribus y regiones de Sudán utilizando el gen 16S rRNA y el enfoque filogenético. Materiales y métodos. Se tomaron un total de 75 biopsias gástricas de pacientes remitidos para endoscopia de diferentes regiones de Sudán. La extracción del ADN se realizó por el método del cloruro de guanidina. Se utilizaron dos conjuntos de cebadores (universal y específico para H. pylori) para amplificar el gen ribosómico 16S. Se aplicó la secuenciación de Sanger y las secuencias resultantes se cotejaron con las de la base de datos de nucleótidos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). Los aspectos evolutivos se analizaron mediante el programa informático MEGA7. Resultados. La detección molecular de H. pylori mostró que 28 (37,33%) de los pacientes eran positivos para H. pylori y no se encontraron diferencias significativas en las características sociodemográficas, la serie endoscópica y la infección por H. pylori. Se observaron variaciones nucleotídicas en cinco posiciones nucleotídicas (posiciones 219, 305, 578, 741 y 763-764), y una mutación de inserción (750_InsC_751) estaba presente en el sesenta y siete por ciento (7/12) de nuestras cepas. Estas seis mutaciones se detectaron en regiones del ARNr 16S no estrechamente asociadas con sitios de unión a la tetraciclina o al ARNt; el 66,67% de ellas estaban localizadas en el dominio central del ARNr 16S. El análisis filogenético de las secuencias de ARNr 16S identificó dos linajes de cepas de H. pylori detectadas en diferentes regiones de Sudán. La presencia de cepas sudanesas de H. pylori parecidas a las húngaras podría reflejar la migración de población húngara a Sudán o viceversa. Conclusiones. Este hallazgo subraya la importancia de estudiar la filogenia de las cepas de H. pylori como herramienta discriminatoria para reflejar los patrones de migración humana. Además, el método de amplificación del gen 16S rRNA resultó útil para la identificación bacteriana y la filogenia.
Descripción
Antecedentes. Helicobacter pylori (H. pylori) es omnipresente entre los humanos y uno de los ejemplos mejor estudiados de asociación íntima entre bacterias y seres humanos. Se sabe que la filogenia y la filogeografía de las cepas de H. pylori reflejan patrones de migración humana y acontecimientos demográficos significativos en la prehistoria humana. En este estudio, analizamos la evolución molecular de las cepas de H. pylori detectadas en diferentes tribus y regiones de Sudán utilizando el gen 16S rRNA y el enfoque filogenético. Materiales y métodos. Se tomaron un total de 75 biopsias gástricas de pacientes remitidos para endoscopia de diferentes regiones de Sudán. La extracción del ADN se realizó por el método del cloruro de guanidina. Se utilizaron dos conjuntos de cebadores (universal y específico para H. pylori) para amplificar el gen ribosómico 16S. Se aplicó la secuenciación de Sanger y las secuencias resultantes se cotejaron con las de la base de datos de nucleótidos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). Los aspectos evolutivos se analizaron mediante el programa informático MEGA7. Resultados. La detección molecular de H. pylori mostró que 28 (37,33%) de los pacientes eran positivos para H. pylori y no se encontraron diferencias significativas en las características sociodemográficas, la serie endoscópica y la infección por H. pylori. Se observaron variaciones nucleotídicas en cinco posiciones nucleotídicas (posiciones 219, 305, 578, 741 y 763-764), y una mutación de inserción (750_InsC_751) estaba presente en el sesenta y siete por ciento (7/12) de nuestras cepas. Estas seis mutaciones se detectaron en regiones del ARNr 16S no estrechamente asociadas con sitios de unión a la tetraciclina o al ARNt; el 66,67% de ellas estaban localizadas en el dominio central del ARNr 16S. El análisis filogenético de las secuencias de ARNr 16S identificó dos linajes de cepas de H. pylori detectadas en diferentes regiones de Sudán. La presencia de cepas sudanesas de H. pylori parecidas a las húngaras podría reflejar la migración de población húngara a Sudán o viceversa. Conclusiones. Este hallazgo subraya la importancia de estudiar la filogenia de las cepas de H. pylori como herramienta discriminatoria para reflejar los patrones de migración humana. Además, el método de amplificación del gen 16S rRNA resultó útil para la identificación bacteriana y la filogenia.