El empalme alternativo de ARNm tiene un gran impacto en las funciones celulares y el desarrollo, con el potencial de ajustar la localización celular, la modificación postraduccional, las propiedades de interacción y los niveles de expresión de las proteínas asociadas. La plasticidad de la regulación prepara el terreno para que las células ajusten los niveles relativos de las isoformas de ARNm empalmadas en respuesta al estrés o la estimulación. Como parte de un análisis de perfiles de exón de neuronas corticales de ratón estimuladas con KCl alto para inducir la despolarización de la membrana, detectamos un exón no reconocido previamente (E24a) del gen CASK, que codifica para una inserción peptídica conservada en el dominio de interacción guanilato quinasa. El análisis comparativo de secuencias muestra que E24a apareció selectivamente en los genes CASK de mamíferos como parte de una inserción en un intrón de >3.000 pares de bases. Demostramos que una combinación de un sitio de empalme 5′ naturalmente defectuoso y la regulación negativa por varios factores de empalme, incluyendo SC35 (SRSF2) y ASF/SF2 (SRSF1), impulsa la omisión de E24a en la mayoría de los tipos celulares. Sin embargo, esta regulación negativa se contrarresta con un aumento observado en la inclusión de E24a tras la estimulación neuronal y la señalización del receptor NMDA. En conjunto, E24a es típicamente un exón omitido, que se despierta durante la estimulación neuronal con el potencial de diversificar las propiedades de interacción proteica del polipéptido CASK.