Las macrófitas acuáticas comprenden un grupo diverso de organismos que incluye angiospermas, helechos, musgos, hepáticas y algunas macroalgas que se encuentran en ambientes estacionales o permanentemente húmedos. Entre otras implicaciones, las macrófitas acuáticas son altamente productivas y desempeñan un importante papel estructurante en los ambientes acuáticos. Los estudios ecológicos que involucran plantas acuáticas han aumentado sustancialmente en los últimos años. Sin embargo, es necesario un panorama preciso de las investigaciones dedicadas a las macrófitas acuáticas en el Neotrópico para lograr una evaluación confiable de la producción científica. En el presente estudio, realizamos un análisis cienciométrico de la producción científica dedicada a las macrófitas neotropicales con el fin de identificar las principales tendencias y lagunas en las investigaciones sobre este grupo. La publicación dedicada a las macrófitas en el Neotrópico ha aumentado notablemente en las últimas dos décadas. Brasil, Argentina, México y Chile fueron los países neotropicales más productivos. Nuestros análisis mostraron que los estudios abordaron principalmente la influencia de las macrófitas acuáticas en los organismos y las características abióticas. Los estudios con un enfoque predictivo o que buscan probar hipótesis ecológicas son escasos. Además, aún se necesitan investigaciones que describan especies desconocidas. Esto es esencial para apoyar los esfuerzos de conservación y financiar nuevas investigaciones que prueben hipótesis ecológicas.