El algodón es uno de los cultivos económicos más importantes del mundo. La marchitez por Verticillium es una enfermedad devastadora del algodón que impacta significativamente en el rendimiento y la calidad del algodón. Las ligasas E3 de ubiquitina son componentes esenciales del sistema de proteasoma 26S mediado por ubiquitina, responsables de reconocer proteínas objetivo ubiquitinadas y promover su degradación, lo que desempeña un papel regulador crucial en las respuestas inmunitarias de las plantas. En este estudio, sobre la base de la confirmación de la expresión diferencial de un gen que codifica una ligasa E3 de ubiquitina tipo RING, en dos variedades de algodón resistentes (Zhongzhimian 2) o susceptibles (Jimian 11) a la enfermedad, demostramos que esta ligasa es un regulador negativo de la resistencia porque el silenciamiento en algodón y la sobreexpresión heterogénea del gen en Arabidopsis mejoraron y comprometieron la resistencia, respectivamente. La respuesta inmune mediada por esta ligasa parecía realizarse a través de múltiples vías fisiológicas, incluyendo la señalización hormonal, especies reactivas de oxígeno y biosíntesis de lignina. Basándonos en las secuencias aisladas de Zhongzhimian 2 y Jimian 11, encontramos que tenían secuencias codificantes idénticas pero diferentes secuencias de promotor en las dos variedades, siendo el promotor de Zhongzhimian 2 más activo que el de Jimian 11 porque el primero impulsó una expresión más fuerte de los genes reporteros GUS y LUC. Los resultados vinculan la vía de ubiquitinación a múltiples vías fisiológicas que actúan en la respuesta inmune del algodón y proporcionan un gen candidato para la obtención de variedades de algodón resistentes a la enfermedad.