Los cladóceros son componentes importantes del agua dulce planctónica y bentónica, además de buenos indicadores del estado trófico de los cuerpos de agua. La taxonomía morfológica de muchas especies de cladóceros se considera compleja, con pequeñas diferencias que separan a algunas especies. Actualmente, las técnicas moleculares proporcionan una herramienta poderosa para identificar y clasificar diferentes niveles taxonómicos, utilizando principalmente genes de ARN ribosómico (ARNr) como marcadores moleculares. En el presente trabajo, se realizó PCR-RFLP para separar Ceriodaphnia dubia, una especie exótica en Brasil, y la especie nativa Ceriodaphnia silvestrii, ampliamente distribuida en agua dulce brasileña. El análisis RFLP de la región ITS1-5.8S-ITS2 de los genes de ARNr mostró diferencias entre C. dubia y C. silvestrii al utilizar las enzimas EcoRI, ApaI y SalI. Así, la región ITS1-5.8S-ITS2 resultó ser un marcador molecular útil para diferenciar las especies de Ceriodaphnia estudiadas, lo que facilita la distinción entre especies morfológicamente muy similares. Además, esta metodología podría ser interesante para determinar la distribución de la especie exótica C. dubia en aguas dulces brasileñas, especialmente en los casos en que C. dubia se encuentra en ausencia de C. silvestrii, una tarea particularmente difícil para ecólogos no especializados en taxonomía.