La degradación de la vegetación en los prados alpinos se está volviendo cada vez más severa bajo el cambio global, con la pérdida de especies frecuentemente vinculada a cambios en los grupos funcionales de plantas (GFP). Los cambios en los GFP alteran las entradas de carbono derivadas de las plantas, lo que influye significativamente en la captura de carbono orgánico del suelo (COS) y en las comunidades del suelo. Sin embargo, el impacto de la eliminación de GFP específicos en las fracciones de carbono del suelo y en los grupos tróficos de nematodos sigue siendo poco explorado. En este estudio, se llevó a cabo la eliminación de GFP por encima del suelo durante cinco años consecutivos en el prado alpino de la meseta Qinghai-Tíbet, con cinco tratamientos: (1) sin eliminación de GFP (CK); (2) mantener hierbas no leguminosas (eliminar gramíneas y leguminosas, Hierbas); (3) mantener gramíneas (eliminar leguminosas y hierbas no leguminosas, Gramíneas); (4) mantener leguminosas (eliminar hierbas no leguminosas y gramíneas, Leguminosas); (5) eliminar todos los GFP (Todos-plantas-eliminadas). Se midieron las propiedades de las raíces, la comunidad de nematodos y las fracciones de carbono del suelo. Encontramos que el tratamiento de Gramíneas aumentó significativamente la biomasa de raíces, mientras que el tratamiento de Todos-plantas-eliminadas llevó a una disminución significativa. La abundancia de nematodos fue más alta bajo el tratamiento de Leguminosas, principalmente debido al aumento de omnívoros-predadores. Mientras tanto, el carbono orgánico particulado del suelo (COP) varió significativamente entre los tipos de GFP, siendo el más alto en los tratamientos de Hierbas y CK. El análisis de correlación reveló una relación positiva significativa entre el COS y la abundancia de bacterívoros, lo que sugiere que un mayor COS potencia las poblaciones de bacterívoros y, posteriormente, influye en el ciclo del carbono. Concluimos que la eliminación de GFP altera la estructura de la comunidad de nematodos del suelo y el COP, subrayando el papel de los GFP en la biodiversidad subterránea y la captura de carbono del suelo.