Se sabe que el enriquecimiento físico mejora las condiciones de vida de los peces en sistemas de cultivo y se ha demostrado que promueve la plasticidad conductual en peces en cautiverio. Sin embargo, los sistemas de mecanismos regulatorios del cerebro que subyacen a sus efectos conductuales siguen siendo poco estudiados. El presente estudio investigó el impacto de una exposición de tres meses a un ambiente enriquecido (EE frente a un ambiente árido, BE) en la modulación de la función cerebral en alevines de trucha arcoíris. Utilizando RT-qPCR de alto rendimiento, evaluamos los genes de ARNm relacionados con la función cerebral en varias áreas del cerebro de la trucha. Estos incluyeron marcadores de actividad cerebral y plasticidad, neurogénesis, sinaptogénesis o vías de neurotransmisores seleccionados (dopamina, glutamato, GABA y serotonina). En general, los peces de EE mostraron una serie de genes expresados diferencialmente (marcadores neurotróficos, de neurogénesis y sinaptogénesis) esencialmente localizados en el telencéfalo, lo que podría fundamentar los efectos beneficiosos de complejizar el ambiente sobre la plasticidad cerebral de los peces. Además, EE afectó significativamente las firmas de c-miRNA en plasma sanguíneo, como lo reveló la regulación positiva de cuatro c-miRNAs (miR-200b/c-3p, miR-203a-3p, miR-205-1a-5p, miR-218a-5p) en el plasma sanguíneo de los peces después de 185 días de exposición a EE. En general, concluimos que complejizar el ambiente a través de la adición de estructuras físicas que estimulen y animen a los peces a explorar promueve la función cerebral de la trucha en condiciones de cultivo.