El pez carpa de hocico de anzuelo es un pez de cultivo importante en el este de Asia que muestra dimorfismo sexual en el crecimiento, con los machos creciendo más rápido y más grandes que las hembras. Para entender estos rasgos complejos y mejorar la cría molecular, se realizó un ensamblaje del genoma a nivel de cromosoma del macho utilizando secuenciación Illumina, Nanopore y Hi-C. Las secuencias del genoma de 992.9 Mb con un contig N50 de 5.2 Mb fueron ancladas a 38 cromosomas correspondientes a los cariotipos masculinos. De 30,922 genes anotados funcionalmente, el 97.5% de los genes BUSCO fueron detectados completamente. El análisis de evolución del genoma mostró que las familias de genes expandidas y contraídas en el genoma masculino estaban enriquecidas en 76 vías KEGG, y 78 genes expandidos estaban involucrados en la vía de señalización GnRH que regula la síntesis y secreción de la hormona luteinizante y hormonas glicoproteicas, actuando además en el crecimiento masculino al inducir la hormona de crecimiento. En comparación con el genoma femenino liberado, el número de genes anotados en machos fue mucho mayor (23,992). El cromosoma masculino LG06 exhibió más del 97% de identidad con el femenino GH14/GH38. Se identificaron genes específicos de machos para LG06, donde la variación estructural, incluyendo deleciones e inserciones, ocurrió a una tasa más baja, sugiriendo una fusión céntrica de los cromosomas acrocéntricos GH14 y GH38. El análisis de sinergia del genoma descubrió una conservación inter-cromosómica significativa entre el macho y la carpa herbívora, siendo el primero originado de la ruptura ancestral de cromosomas para aumentar el número de cromosomas. Nuestros resultados proporcionan un valioso recurso genético para estudiar la regulación del dimorfismo sexual, los mecanismos determinantes del sexo y la cría guiada molecularmente.