Ensamblaje del genoma a nivel de cromosoma y análisis de comparación de transcriptomas de y sus especies de mero relacionadas
Autores: Xie, Zhenzhen; Wang, Dengdong; Jiang, Shoujia; Peng, Cheng; Wang, Qing; Huang, Chunren; Li, Shuisheng; Lin, Haoran; Zhang, Yong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
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El pez tomate, es un pez de arrecife coralino que habita en el fondo, el cual se distribuye ampliamente en el Indo-Pacífico y el Mar Rojo. También presenta estructuras sociales complejas y mecanismos de comportamiento. Aquí, presentamos una ensamblaje del genoma de alta calidad a nivel de cromosomas que se derivó utilizando tecnologías de secuenciación PacBio y Hi-C. Se ensambló un genoma de 1043.66 Mb con una longitud N50 de 2.49 Mb, produciendo 795 contigs ensamblados en 24 cromosomas. En general, se identificó el 97.2% de los BUSCOs completos en el genoma. Se predijeron un total de 26,130 genes codificadores de proteínas, de los cuales el 94.26% fueron anotados funcionalmente. El análisis evolutivo reveló que divergió de su ancestro común hace aproximadamente 41.7 millones de años. Además, los análisis comparativos del genoma indicaron que las familias de genes expandidas estaban altamente enriquecidas en el sistema sensorial. Finalmente, encontramos la expresión específica de tejidos de 8108 genes. Descubrimos que estos genes específicos de tejidos estaban altamente enriquecidos en el cerebro. En resumen, el genoma de referencia de alta calidad a nivel de cromosomas proporcionará un recurso genómico valioso para estudios sobre la conservación genética, la cría de resistencia y la evolución del pez tomate.
Descripción
El pez tomate, es un pez de arrecife coralino que habita en el fondo, el cual se distribuye ampliamente en el Indo-Pacífico y el Mar Rojo. También presenta estructuras sociales complejas y mecanismos de comportamiento. Aquí, presentamos una ensamblaje del genoma de alta calidad a nivel de cromosomas que se derivó utilizando tecnologías de secuenciación PacBio y Hi-C. Se ensambló un genoma de 1043.66 Mb con una longitud N50 de 2.49 Mb, produciendo 795 contigs ensamblados en 24 cromosomas. En general, se identificó el 97.2% de los BUSCOs completos en el genoma. Se predijeron un total de 26,130 genes codificadores de proteínas, de los cuales el 94.26% fueron anotados funcionalmente. El análisis evolutivo reveló que divergió de su ancestro común hace aproximadamente 41.7 millones de años. Además, los análisis comparativos del genoma indicaron que las familias de genes expandidas estaban altamente enriquecidas en el sistema sensorial. Finalmente, encontramos la expresión específica de tejidos de 8108 genes. Descubrimos que estos genes específicos de tejidos estaban altamente enriquecidos en el cerebro. En resumen, el genoma de referencia de alta calidad a nivel de cromosomas proporcionará un recurso genómico valioso para estudios sobre la conservación genética, la cría de resistencia y la evolución del pez tomate.