Los ritmos circadianos en los mamíferos están coordinados por el marcapasos circadiano central, el núcleo supraquiasmático (NSQ). La luz y otros inputs ambientales cambian el tiempo del oscilador de la red neuronal del NSQ, que, a su vez, envía señales de salida que sincronizan los ritmos conductuales y fisiológicos diarios. Aunque se conoce mucho sobre las propiedades moleculares, neuronales y de red del propio NSQ, los circuitos que conectan el mundo exterior con el NSQ y el NSQ con las salidas rítmicas están poco estudiados. En este artículo, revisamos nuestra comprensión actual de las entradas sinápticas y no sinápticas hacia y desde el NSQ. Proponemos que se necesita una descripción más completa de la conectividad del NSQ para explicar mejor cómo se generan los ritmos en casi todos los comportamientos y procesos fisiológicos y para determinar cómo, mecánicamente, estos ritmos son interrumpidos por enfermedades o estilos de vida.