El calicivirus felino (FCV) afecta comúnmente a los gatos, causando enfermedades respiratorias superiores. Este estudio investigó la prevalencia de FCV en Pekín, exploró los factores de riesgo asociados con la infección por FCV y elucidó sus características evolutivas genéticas. Un total de 402 gatos del Hospital de Enseñanza Veterinaria de la Universidad Agrícola de China (CAUVTH) fueron investigados de junio a diciembre de 2023. La tasa de gatos positivos al FCV en la muestra examinada fue del 31.3%. Los factores de riesgo significativamente asociados con la infección por FCV fueron la edad, el estado de vacunación y la densidad residencial. Un análisis filogenético de genomas completos reveló una filogenia radial, sin un agrupamiento geográfico obvio. Un análisis de aminoácidos de la región E de la proteína principal de la cápside reveló epítopos de anticuerpos neutralizantes variables, mientras que los sitios de unión de la molécula de adhesión intercelular felina-A (fJAM-A) permanecieron conservados. Además, identificamos la primera cepa recombinante de FCV en Pekín, creada a partir de dos cepas anteriores en 2019. Este estudio elucidó la epidemiología molecular y la diversidad genética del FCV en Pekín, ayudándonos a mejorar las estrategias de prevención y control para proteger a los gatos de esta enfermedad.