El número de filas de granos (KRN) es un determinante fundamental para el rendimiento en los programas de mejoramiento del maíz. Sin embargo, la base genética subyacente al KRN sigue siendo en gran medida elusiva. Para identificar genes candidatos que regulen el KRN, se desarrolló una población de 318 líneas de sustitución de segmentos cromosómicos (CSSLs) a través de retrocruzamiento, con Baimaya (BMY) como el padre donante y B73 como el padre recurrente. Además, se construyó un mapa de ligamiento genético de alta densidad que contiene 2859 marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) de alta calidad para el mapeo de loci de rasgos cuantitativos (QTL) del KRN. Notablemente, se detectaron 19 QTLs que controlan el KRN en tres entornos y en los valores de Predicción Lineal Best Unbiased (BLUP); entre estos, un QTL de efecto mayor fue identificado consistentemente en los tres entornos y en el BLUP. Luego, la integración del mapeo de ligamiento y el análisis de transcriptoma de mazorcas inmaduras de 5 mm de líneas casi isogénicas (NILs) descubrió un gen candidato. Este gen mostró una significativa regulación a la baja, y se detectaron dos variantes de sentido erróneo entre los otros. Este gen mostró expresión preferencial en mazorcas en desarrollo. Además, la acumulación de alelos favorables de los cinco QTLs estables aumentó significativamente el KRN en el maíz. Estos hallazgos avanzan nuestra comprensión genética del desarrollo de la mazorca de maíz y proporcionan valiosos objetivos genéticos para mejorar el KRN en el mejoramiento del maíz.