G. Don (Asteraceae) es una valiosa planta medicinal y aromática nativa de una variedad de hábitats en la región mediterránea. Sin embargo, los estudios genéticos de esta especie morfológicamente diversa han estado limitados por la escasez de marcadores de ADN específicos de la especie. Para abordar esta limitación, generamos la primera ensamblaje de transcriptoma de novo que comprende 24,806 transcritos de brotes jóvenes que contienen hojas y flores, desarrollamos marcadores EST-SSR y evaluamos su utilidad en el análisis genético poblacional. Se diseñaron setenta y ocho pares de cebadores, de los cuales 23 mostraron amplificación exitosa, polimorfismo y transferibilidad a Guss. y (L.) Moench. Un subconjunto de 12 EST-SSRs se utilizó para genotipar 270 individuos de 12 poblaciones naturales en Córcega (Francia), junto con una población externa de Croacia. El contenido de información polimórfica varió de 0.250 a 0.796, y el índice de información de Shannon varió de 0.588 a 1.843, lo que indica la idoneidad de los marcadores para estudios genéticos poblacionales. El análisis de varianza molecular reveló que el 15% de la variación genética total se atribuía a diferencias entre poblaciones. El análisis discriminante de componentes principales y el agrupamiento bayesiano en STRUCTURE identificaron clústeres poblacionales distintos correspondientes a ubicaciones geográficas. Notablemente, las poblaciones costeras más al sur estaban claramente diferenciadas de las demás.