La aplicación de microarrays de ADN para el análisis de alta capacidad de regulación genética a menudo está limitada por los fluoróforos utilizados como marcadores. La implementación de técnicas de escaneo múltiple está limitada por la susceptibilidad de los fluoróforos a la fotodegradación cuando se exponen a la luz láser del escáner. Este artículo presenta estrategias mecánicas y químicas combinadas que mejoran la fotostabilidad de la cianina 3 y la cianina 5 como parte de microarrays de ADN en estado sólido. Estas estrategias se basan en escanear los microarrays mientras el ADN hibridado aún está en una solución acuosa con la presencia de un sistema redox (ROXS). Además, la configuración experimental permite el análisis y eventual normalización de la interacción de transferencia de energía por resonancia de Förster (FRET) de combinaciones de tintes de cianina-3/cianina-5 en el microarray. Estos hallazgos constituyen un paso hacia la estandarización de experimentos y análisis de microarrays y pueden ayudar a aumentar la comparabilidad de los resultados de experimentos de microarrays entre laboratorios.