El zinc es un nutriente importante para el crecimiento y desarrollo de las plantas. Su disponibilidad está influenciada por los microbios solubilizadores de zinc (ZSMs). Los efectos de las prácticas agronómicas comúnmente promovidas en la abundancia de ZSMs aún no se comprenden bien. En este estudio, realizado en 2019, evaluamos los efectos de la aplicación de estiércol de corral (FYM), ya sea solo o en combinación con residuos y/o insumos de fertilizantes inorgánicos, en la estructura de la comunidad de ZSMs utilizando 11 tratamientos en un experimento de manejo integrado de la fertilidad del suelo a largo plazo (17 años) ubicado en el oeste de Kenia. La composición de la comunidad bacteriana y fúngica se evaluó mediante secuenciación de amplicones en una plataforma Illumina MiSeq. Los resultados mostraron que los ZSMs putativos (es decir, los ZSMs generalmente considerados con capacidades de solubilización de zinc) se agruparon en dos clados principales basados en la aplicación o no aplicación de FYM. La aplicación única de FYM aumentó significativamente (< 0.05) la abundancia de varios ZSMs bajo una rotación de maíz-Tephrosia. Además, los sistemas con la aplicación combinada de FYM con otros insumos generalmente mostraron tendencias crecientes significativas para algunos ZSMs bajo una rotación de maíz-Tephrosia. Además, la aplicación combinada de FYM y P en lugar de solo P aumentó significativamente la abundancia de algunos ZSMs en sistemas de monocultivo de maíz. Además, además de afectar la abundancia de ZSMs, las variables químicas del suelo que involucran carbono orgánico del suelo (SOC), N total y P de Olsen aumentaron significativamente con la aplicación de FYM. Este estudio indicó que prácticas de manejo como la aplicación de FYM que aumentan el SOC y otros parámetros químicos del suelo también/concomitantemente aumentan la abundancia de ZSMs. Estos resultados implican capacidades mejoradas para la disponibilidad de zinc vinculada a microbios con la aplicación de FYM.