En el presente estudio, presentamos un análisis de autocorrelación espacial de datos moleculares obtenidos para Arapaima gigas y su implicación para la conservación y el manejo. Arapaima es un pez gigante comestible importante, pero críticamente sobreexplotado, de la várzea amazónica. El análisis de 14 loci microsatélites variables y 2347 pb de ADNmt de 126 individuos muestreados en siete localidades de la cuenca amazónica sugiere que Arapaima forma una población continua con un amplio intercambio genético entre localidades. Se observa un efecto débil del aislamiento por distancia en los datos microsatélite, pero no en los datos de ADNmt. El análisis de autocorrelación espacial de datos genéticos y geográficos sugiere que el intercambio genético está significativamente restringido a distancias superiores a 2500 km. Recomendamos implementar un modelo de gestión y conservación de metapoblaciones fuente-sumidero proponiendo réplicas de reservas de várzea de alta calidad en las cuencas alta, central y baja del Amazonas. Esta estrategia de conservación permitiría: 1) preservar toda la diversidad genética actual del arapaima; 2) crear un conjunto de reservas para abastecer de inmigrantes a las poblaciones localmente diezmadas; 3) preservar las áreas centrales de várzea en la cuenca amazónica, de las que dependen muchas otras especies. Enfatizamos que las estrategias de conservación no solo deben preservar la diversidad genética actual, sino también los procesos evolutivos que han generado los patrones observados.