El exosoma de ARN es un importante complejo proteico que funciona en el procesamiento 3′ y la degradación del ARN en organismos arqueos y eucariotas. El exosoma arqueal es funcionalmente similar a las enzimas bacterianas polinucleótido fosforilasa (PNPasa) y RNasa PH, ya que utiliza fosfato inorgánico (Pi) para escindir procesalmente sustratos de ARN liberando difosfatos de nucleósidos. Para arrojar luz sobre el mecanismo de catálisis, hemos determinado las estructuras cristalinas del exosoma arqueal mutante en complejo con Pi o con ambos ARN y Pi a resoluciones de 1,8 Å y 2,5 Å, respectivamente. Estas estructuras representan vistas de estados precatalíticos de la enzima y permiten la determinación precisa de las geometrías de unión del sustrato. En la estructura con el Pi y el ARN unidos, el Pi se acerca al fosfato del nucleótido del extremo 3′ del ARN y está en una posición perfecta para realizar un ataque nucleofílico. La presencia de carga negativa resultante de los estrechos contactos entre los fosfatos parece ser neutralizada por los residuos conservados de carga positiva en el sitio activo del exosoma arqueal. Se discute el alto grado de conservación estructural entre el exosoma arqueal y la PNPasa, incluyendo el requisito de iones metálicos divalentes para la catálisis.