La Antártida alberga algunos de los ecosistemas más extremos de la Tierra, donde solo persisten dos plantas vasculares. La hierba nativa proporciona un modelo para las interacciones planta-microbio bajo un intenso estrés abiótico. Presentamos la primera caracterización multi-compartimental y multi-reino de comunidades bacterianas y fúngicas asociadas en tres islas Shetland del Sur. El metabarcoding reveló una fuerte compartimentalización: la rizosfera mostró la mayor riqueza y redes bacteriano-fúngicas complejas; la endosfera radicular mostró una diversidad intermedia con taxones clave; y la endosfera foliar fue simplificada, dominada por taxones tolerantes al estrés. A pesar de la marcada heterogeneidad del suelo, el enriquecimiento de fósforo en la Bahía de Admiralty, cationes básicos en la Bahía de Coppermine y hierro en la Península de Byers, un núcleo conservado (20 géneros bacterianos y 5 fúngicos) persistió, principalmente saprófitos adaptados al frío y taxones asociados a plantas. Los ensamblajes fúngicos fueron más sensibles a la química del suelo, con enriquecimientos específicos del sitio. En general, los holobiontes exhibieron una estrategia dual: los esqueletos microbianos conservados confieren estabilidad, mientras que los ensamblajes localizados moldeados por la química del suelo y la geografía mejoran la adaptabilidad. En conjunto, estos hallazgos proporcionan una de las caracterizaciones más integradoras del holobionte hasta la fecha, revelando cómo los componentes microbianos conservados y adaptativos apoyan la resiliencia de las plantas en condiciones extremas de la Antártida y ofreciendo valiosas perspectivas para predecir las respuestas biológicas al cambio climático en curso.