Se utilizaron marcadores de ADN polimórfico amplificado aleatoriamente (RAPD) para analizar la diferenciación genética entre tres poblaciones del endémico jejenero de mejillas negras (Conopophaga melanops melanops) dentro de un área prístina más extensa, similar al Bosque Atlántico brasileño. Los análisis de varianza molecular (AMOVA) (φST = 0,13149, P < 0,0001) y la prueba no paramétrica de homogeneidad de la varianza molecular (HOMOVA) (B = 0,32337; P = 0,0019) mostraron una divergencia genética estadísticamente significativa entre las tres poblaciones de jejenero de mejillas negras en un transecto continuo de 250 km. Algunas explicaciones hipotéticas para estos resultados son la naturaleza sedentaria de la especie y el aislamiento histórico de las poblaciones en refugios durante el Pleistoceno. Los resultados actuales sugieren que las poblaciones locales se diferenciaron naturalmente a lo largo de toda su distribución original antes del reciente proceso de deforestación masiva.