El arroz contaminado con cadmio presenta graves riesgos para la salud a través de la bioacumulación de Cd (cadmio) del suelo a los granos comestibles. La contaminación por Cd interrumpe la ecología microbiana del suelo y altera la diversidad microbiana. Sin embargo, el papel de las comunidades microbianas del rizosfera específicas de cada cultivar en la modulación de la absorción de Cd sigue siendo incierto. En este estudio, nuestro objetivo fue elucidar el mecanismo subyacente al remodelado microecológico del rizosfera dependiente de la variedad y la acumulación de Cd en dos variedades de arroz tardío seleccionadas de manera independiente, Yuzhenxiang (YZX) y Xiangwanxian 12 (XWX12). Combinando análisis fisiológicos y metagenómicos, revelamos correlaciones específicas de la variedad entre la acumulación de Cd en las raíces y los cambios dinámicos en el pH del suelo, el fósforo disponible en el suelo y las bacterias del rizosfera. Los géneros bacterianos clave mostraron patrones de enriquecimiento diferencial bajo estrés por Cd. En contraste, y probablemente reducen la biodisponibilidad de Cd al modular la disponibilidad de fósforo. En general, este estudio elucida que los cultivares de arroz moldean indirectamente los patrones de acumulación de Cd a través del remodelado microbiano del rizosfera, proporcionando nuevas perspectivas para estrategias de remediación microbiana en tierras agrícolas contaminadas con Cd.